Toàn huyện đảo Lý Sơn hiện có một hồ chứa nước là hồ Thới Lới, 2 công trình cấp nước sinh hoạt tập trung và 2.149 giếng. Đáng lưu tâm, nếu năm 2014, toàn đảo có 546 giếng nước thì đến nay đã tăng trên 2.149 giếng, việc người dân ồ ạt đào giếng phục vụ tưới tiêu trong sản xuất nông nghiệp khiến nguồn nước ngầm bị "vắt" cạn.
Để bảo vệ mạch nước ngọt quý giá trên đảo Lý Sơn, tỉnh Quảng Ngãi đã nghiêm cấm việc đào, khoan giếng nước tràn lan. Bất cứ tổ chức, cá nhân nào muốn khoan giếng đều phải xin phép. Anh Nguyễn Văn Định (sinh năm 1981), ở thôn Tây, xã An Hải, huyện Lý Sơn cho biết, một bộ phận người dân trên đảo chủ yếu sống bằng nghề nông, trồng lạc, hành, tỏi… nên cần lượng nước ngọt rất lớn để tưới tiêu. Tuy nhiên càng đào nhiều giếng thì càng “khát” vì mạch nước ngầm đang ngày càng suy kiệt, vào mùa hè, đảo Lý Sơn thiếu nước ngọt trầm trọng để tưới tiêu, sinh hoạt...
Theo thống kê, diện tích cây màu, rau, quả trồng hàng năm ở huyện Lý Sơn khoảng 250 ha, đồng thời sau thời gian dài khai thác để phục vụ cho nhu cầu sinh hoạt, du lịch và sản xuất nông nghiệp, hiện nguồn nước ngầm ở đảo Lý Sơn cạn kiệt rất nhanh, nhiều vị trí bị xâm nhập mặn khá nặng.
Để giải bài toán nước ngọt cho hòn đảo này, tỉnh Quảng Ngãi đã đầu tư nhiều dự án cung cấp nước nhưng không được như kỳ vọng. Cụ thể như công trình hệ thống cấp nước tại Trung tâm huyện (đảo Lớn), được đầu tư xây dựng năm 2016, có thiết kế công suất 1.000m3/ngày đêm, cấp nước cho 1.700 hộ dân. Tuy nhiên trên thực tế, công suất của công trình này chỉ còn 147m3/ngày đêm, cấp nước cho 600 hộ dân. Hai là Công trình Nhà máy lọc nước biển thành nước ngọt tại đảo Bé (An Bình), được đầu tư xây dựng năm 2012, công suất theo thiết kế 200m3/ngày đêm. Nhưng thực tế, hoạt động của nhà máy chỉ đạt 47% công suất thiết kế, cấp nước cho 98 hộ dân.
Ông Võ Quốc Hùng - Phó Giám đốc Sở NNPTNT tỉnh Quảng Ngãi cho biết, giải pháp khả thi nhất và đã được cấp thẩm quyền lựa chọn, đó là đầu tư xây dựng hệ thống kênh xung quanh đảo Lý Sơn, để thu gom nước mặt vào các bể trữ tập trung (khoảng 1 triệu m3), với tổng kinh phí cần đầu tư khoảng 250 tỉ đồng. Sau khi việc đầu tư xây dựng hệ thống thu gom và bể chứa hoàn thành, số nước ngọt này (1 triệu m3) dự kiến sử dụng cho sản xuất nông nghiệp, chế biến thủy sản khoảng 600.000m3, phần còn lại (khoảng 400.000m3) thông qua hệ thống xử lý phục vụ cho sinh hoạt và phát triển dịch vụ, du lịch. Tuy nhiên, hiện đảo Lý Sơn đã được quy hoạch nên cần phải giải quyết các vướng mắc về thủ tục, đất đai mới có thể xây các bể bê tông lớn chứa nước.