Theo đó, Thanh tra tỉnh Bến Tre đã chỉ ra nhiều hạn chế, sai phạm. Cụ thể, về công tác quản lý tài chính, tài sản, thực hiện nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước, Văn phòng Sở đã lập sổ kế toán trên phương tiện điện tử nhưng không in ra giấy, đóng thành quyển là chưa đúng quy định.
Bên cạnh đó, không mở sổ để theo dõi số lượng ấn chỉ phôi và vật liệu đi kèm dùng in Giấy phép lái xe, khi nhập - xuất có ghi nhận trên bảng theo dõi nhưng chưa thể hiện đầy đủ chữ ký xác nhận của những người có liên quan; định kỳ (hàng tháng, quý) kế toán không đối chiếu, xác nhận số lượng nhập, xuất, tồn là không đúng theo quy định.
Trung tâm Quản lý phà và bến xe Bến Tre thì chưa có phương án sắp xếp lại bến xe, chưa chuyển đổi công năng sử dụng theo mục tiêu đầu tư xây dựng công trình bến xe tỉnh Bến Tre tại Quyết định số 2449/QĐ-UBND ngày 15.12.2008 của UBND tỉnh. Ngoài ra, chưa ký hợp đồng thuê đất đối với 2 thửa đất trụ sở Văn phòng Trung tâm Quản lý phà và bến xe Bến Tre tỉnh Bến Tre, dẫn đến việc Trung tâm Quản lý phà và bến xe Bến Tre chưa nộp tiền thuê đất từ tháng 7.2014 đến nay. Đồng thời, chưa thực hiện thoái vốn phần vốn góp vào Công ty Cổ phần du lịch Hoàng Lam theo chỉ đạo của UBND tỉnh tại Công văn số 86/UBND-KT ngày 7.1.2021.
Theo thông báo kết luận thanh tra, số liệu quyết toán của Sở Giao thông Vận tải với Cảng vụ đường thủy nội địa Bến Tre có chênh lệch doanh thu từ nguồn phí của tháng 12.2020 giữa năm 2020 và năm 2021. Do kế toán thay đổi từng năm, kế toán nghỉ việc không bàn giao cho kế toán mới nên Cảng vụ đường thủy nội địa Bến Tre chưa cung cấp đầy đủ sổ kế toán. Việc trích giảm chênh lệch thu, chi theo kết luận số 963/KLTT-SGTVT ngày 15.5.2018 của Sở Giao thông Vận tải. Đến ngày 31.12.2022, Cảng vụ đường thủy nội địa Bến Tre vẫn còn nợ tạm ứng và nợ phải thanh toán số tiền là hơn 401,9 triệu đồng của các đơn vị.
Về công tác quản lý đầu tư xây dựng cơ bản, chủ đầu tư, đại diện chủ đầu tư thì việc thẩm định thiết kế bản vẽ thi công và dự toán công trình chưa chặt chẽ nên không phát hiện ra một số sai sót nhỏ của các đơn vị tư vấn thiết kế đã lập dự toán tính thừa khối lượng một số công tác của 7/11 công trình được kiểm tra. Khi nghiệm thu thanh toán có tính lại khối lượng thực tế thi công nhưng không phát hiện một vài công tác khối lượng dự toán tính thừa dẫn đến thanh toán thừa cho đơn vị thi công với số tiền hơn 75 triệu đồng.
Từ vấn đề trên, Chánh Thanh tra tỉnh Bến Tre kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh Bến Tre chỉ đạo Giám đốc Sở Giao thông Vận tải chịu trách nhiệm thu hồi và nộp số tiền hơn 75 triệu đồng vào tài khoản tạm giữ chờ xử lý của Thanh tra tỉnh theo Quyết định số 191/QĐ-TT ngày 25.10.2023 của Chánh Thanh tra tỉnh và tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với các tổ chức, cá nhân có những sai sót trong công tác quản lý tài chính, tài sản và đầu tư xây dựng cơ bản như kết luận thanh tra.
Ngoài ra, Chánh Thanh tra tỉnh Bến Tre cũng kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh Bến Tre chỉ đạo Giám đốc Sở Tài chính thực hiện nghiêm chỉ đạo của UBND tỉnh, phối hợp với Sở Giao thông Vận tải tổ chức thu hồi vốn của Trung tâm Quản lý phà và bến xe Bến Tre góp vào Công ty Cổ phần du lịch Hoàng Lam theo quy định tại Nghị định số 91/2015/NĐ-CP và Nghị định số 12/2018/NĐ-CP của Chính phủ.
Bên cạnh đó, Chánh Thanh tra tỉnh Bến Tre kiến nghị Chủ tịch UBND tỉnh Bến Tre chỉ đạo Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường thực hiện nghiêm Quyết định số 2467/QĐ-UBND ngày 30.9.2020 của UBND tỉnh, xác định giá đất, ký hợp đồng cho thuê đất với Trung tâm Quản lý phà và bến xe Bến Tre theo quy định của pháp luật.