Trước đó, vào ngày 26.4, Phòng Cảnh sát Môi trường, Công an tỉnh Ninh Bình đã lập biên bản vi phạm hành chính đối với Công ty TNHH Long Sơn. Cụ thể, trong quá trình hoạt động khai thác và quản lý cảng thuỷ nội địa (tại xã Khánh Phú, huyện Yên Khánh, Ninh Bình), Công ty TNHH Long Sơn đã không thực hiện một số nội dung trong Đề án bảo vệ môi trường đã được phê duyệt. Không thực hiện một trong các nội dung trong Đề án bảo vệ môi trường đã được phê duyệt.
Căn cứ đề nghị của Giám đốc Công an tỉnh Ninh Bình cùng các tài liệu có trong hồ sơ vụ việc, UBND tỉnh Ninh Bình đã ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính với số tiền 130 triệu đồng đối với Công ty TNHH Long Sơn. Đồng thời, yêu cầu trong vòng 1 tháng kể từ ngày ra Quyết định xử phạt, Công ty TNHH Long Sơn phải thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường.
Trước đó, vào tháng 5.2019, UBND tỉnh Ninh Bình cũng đã ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính với số tiền 524 triệu đồng, đồng thời đình chỉ hoạt động 12 tháng đối với Công ty TNHH Long Sơn về hành vi xả thải gây ô nhiễm môi trường.