Cảng Lý Sơn được xây dựng năm 1999, mục đích phục vụ cho hoạt động tàu cá. Đến tháng 5.2005 cảng cá Lý Sơn được đổi tên thành cảng Lý Sơn, 6 tháng sau đó cảng Lý Sơn được cấp phép tiếp nhận phương tiện thủy nội địa tuyến Sa Kỳ - Lý Sơn và ngược lại nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho việc đi lại của người dân và lưu thông hàng hóa giữa đất liền với đảo. Gần 10 năm nay, cảng còn là nơi đón nhận khách du lịch với lưu lượng tăng dần mỗi năm. Vì vậy, cảng Lý Sơn hiện đã quá tải.
Buổi sáng là thời điểm tàu cá, tàu hàng, tàu khách hoạt động đông đúc nhất, sau một đêm đánh bắt vào cập cảng để cất hải sản và tiếp nhiên liệu, lương thực, thực phẩm. Tàu hàng, tàu khách thì cất bốc hàng hóa và đón trả khách. Nhiều năm phải dùng chung một cảng nên hoạt động của tàu cá, các phương tiện tuyến Sa Kỳ - Lý Sơn gặp nhiều khó khăn. Tình trạng tranh giành khu vực cập tàu giữa các phương tiện vì thế cũng thường xuyên xảy ra và tiềm ẩn nhiều rủi ro cho người dân và du khách.
Ông Trần Văn Quang - ngư dân ở Lý Sơn - nói: “Cảng đã xây dựng hơn 20 năm rồi. Bây giờ tàu cá, tàu hàng, tàu khách đông quá nên quá tải, trong trường hợp lưới rút, lưới ba, lưới cơm về neo đậu nên xảy ra nhiều sự cố, tai nạn. Các phương tiện mất rất nhiều thời gian cập cảng”.
Lý Sơn có hơn 550 tàu cá, 7 tàu vận tải hàng hóa, 6 tàu khách cùng nhiều phương tiện tàu thuyền công suất nhỏ. Mọi hoạt động của tàu cá, tàu vận tải tuyến Sa Kỳ - Lý Sơn đều diễn ra vào buổi sáng, nên tình trạng quá tải, phức tạp, ô nhiễm môi trường và tiềm ẩn nhiều rủi ro kéo dài nhiều năm liền. Cao điểm mùa du lịch, lễ, Tết, cảng Lý Sơn ken kín người. Có thời điểm, cảng Lý Sơn xảy ra kẹt xe cục bộ, xảy ra tình trạng tàu xuất bến không đúng giờ, thậm chí là không có chỗ cập cảng khi tàu cá neo đậu cất bốc hải sản quá nhiều.
Theo ông Lê Văn Sơn - Đội Trưởng Đội bốc xếp cảng Lý Sơn: “Người dân Lý Sơn mong muốn có thêm cảng giao thông riêng dành cho người dân và khách du lịch đi lại. Cảng này nên để riêng cho hoạt động tàu cá. Dùng chung như hiện nay vừa quá tải, lại mất vệ sinh, khách du lịch bị phiền hà”.
Ông Huỳnh Công Trí - Giám đốc Ban Quản lý cảng Lý Sơn cho biết, chiều ngang cầu tàu chỉ 60m2, dài 150m2, ngoài tiếp nhận tàu cá, tàu hàng, tàu khách, người dân còn dựng hàng quán hai bên đường dẫn nên khoảng lưu thông bị thu hẹp.
Trước mắt, huyện Lý Sơn đã bố trí cổng kiểm soát vé ngay giữa vị trí cảng, tăng cường lượng lực phân luồng giao thông, hạn chế người dân, phương tiện xe cơ giới vào bên trong cảng để bớt thực trạng lộn xộn, mất an toàn cho hành khách đi tàu.
Trong khi chờ đợi cảng giao thông Bến Đình đi vào hoạt động, hiện nay đành chấp nhận cảnh tàu cá, tàu vận tải, người dân và hành khách đi tàu còn phải chịu cảnh chen lấn, xô đẩy hằng ngày.