Tỉnh Quảng Trị đã triển khai thực hiện chương trình phòng chống sốt rét trong tình hình là địa phương có bệnh sốt rét lưu hành quanh năm với tỷ lệ ký sinh trùng sốt rét/lam máu là 26,92% và trung gian truyền bệnh chính tập trung tại khu vực miền núi vào năm 1989.
Đến nay, tỉnh Quảng Trị đã đạt các tiêu chí và điều kiện cần thiết để được chứng nhận loại trừ sốt rét: Toàn tỉnh có 7 ca mắc sốt rét, không có trường hợp sốt rét ác tính và tử vong do sốt rét, tỷ lệ ký sinh trùng sốt rét/lam máu giảm 91%. Nhiều huyện, thị xã, thành phố trong tỉnh như huyện Hải Lăng, huyện Vĩnh Linh, huyện Triệu Phong, thị xã Quảng Trị, thành phố Đông Hà không còn ca lây nhiễm sổ rét tại chỗ trên địa bàn trong 3 năm liền.
Khắc phục những khó khăn, trở ngại do COVID-19, chương trình phòng chống sốt rét do Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Quảng Trị thực hiện đã triển khai các hoạt động giám sát dịch tễ sốt rét; điều tra côn trùng truyền bệnh, truyền thông phòng chống sốt rét; giám sát ca bệnh sốt rét và phun, tẩm hóa chất diệt muỗi truyền bệnh tại các xã trọng điểm sốt rét nói riêng và các huyện có sốt rét lưu hành nói chung. Đồng thời, phối hợp Viện Sốt rét-ký sinh trùng-côn trùng Trung ương và Viện Sốt rét-ký sinh trùng-côn trùng Quy Nhơn tổ chức giám sát dịch tễ, điều tra côn trùng, điều trị bệnh sốt rét ở 2 huyện miền núi Hướng Hóa, Đakrông trong năm 2020 nhằm mục tiêu góp phần cùng toàn tỉnh cán mốc loại trừ sốt rét, hướng tới cùng cả nước loại trừ sốt rét vào năm 2030.