Theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Tổng cục Thủy lợi và Tổng cục Phòng, chống thiên tai là 2 tổ chức trực thuộc Bộ NNPTNT, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ NNPTNT quản lý Nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật trong các lĩnh vực gồm: Thủy lợi; nước sạch nông thôn; phòng, chống thiên tai, đê điều trên phạm vi cả nước. Tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của các Tổng cục theo quy định của pháp luật…
Ông Nguyễn Văn Tỉnh được bổ nhiệm làm Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi, ông Trần Quang Hoài được bổ nhiệm làm Tổng cục trưởng Tổng cục Phòng, chống thiên tai.
Quyết định của Thủ tướng về thành lập Tổng cục Thủy lợi và Tổng cục phòng, chống thiên tai có hiệu lực thi hành từ ngày 18.8.2017.
Phát biểu giao nhiệm vụ cho lãnh đạo 2 Tổng cục, Bộ trưởng Bộ NNPTNT Nguyễn Xuân Cường nêu rõ trách nhiệm và nhiệm vụ của 2 đơn vị trong phòng chống thiên tai và phục vụ tái cơ cấu nông nghiệp gắn với xây dựng nông thôn mới; khẩn trương kiện toàn bộ máy, lựa chọn nhân sự, tăng cường đào tạo nguồn nhân lực có các chương trình hoạt động thiết thực và hiệu quả thực tế.