Theo UBND thị xã Ninh Hòa, trong năm học 2017-2018, theo thống nhất của phụ huynh học sinh tại biên bản họp cha mẹ học sinh đầu năm, trường có tổ chức phụ đạo cho học sinh 3 lớp ở Khối 9, gồm 9/3, 9/4, 9/5 (các lớp này không học 2 buổi/ngày), học 5 môn (Toán, Vật lý, Tiếng Anh, Ngữ văn, Hóa học) có thu tiền (220.000 đồng/học sinh/tháng). Số tiền này, trường chi bồi dưỡng cho giáo viên, trực tiếp giảng dạy và nhân viên bảo vệ, phục vụ. Các lớp còn lại (9/1, 9/2) đã được tổ chức học 2 buổi/ngày nên nhà trường không tổ chức dạy phụ đạo.
Nội dung này đã được Phòng Giáo dục và đào tạo kiểm tra và có kết luận số 629 vào ngày 12.9.2018. Theo đó, việc trường THCS Nguyễn Trung Trực có tổ chức dạy phụ đạo cho học sinh đại trà (lớp 9/3, 9/4, 9/5) có thu tiền là không đúng quy định tại Thông tư số 17 (ngày 16.5.2012) của Bộ Giáo dục và đào tạo. Phòng Giáo dục và đào tạo thị xã Ninh Hòa đề nghị nhà trường tiến hành hoàn trả lại số tiền đã thu của phụ huynh học sinh; đồng thời tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của Hiệu trưởng trong công tác quản lý dạy thêm, học thêm trong nhà trường.
Ngày 29.9.2018, trường hoàn trả lại tiền cho đại diện cha mẹ học sinh với tổng số tiền hơn 42 triệu đồng. Việc trả lại có lập Giấy hoàn trả lại tiền ngày 29.9.2018 có xác nhận của bà Nguyễn Thị Phương Hiền (Hiệu trưởng) và ông Lê Quốc Phong (đại diện cha mẹ học sinh của trường) và đại diện cha mẹ học sinh của 3 lớp 9/3, 9/4, 9/5 (các ông, bà Cao Văn Phong, Nguyễn Trọng và Nguyễn Thị Hồng).
Do thời điểm này, các học sinh khối 9 không còn học ở trường nên việc liên hệ để trả lại tiền cho từng người gặp nhiều khó khăn. Do đó, ngày 20.12.2018, ông Lê Quốc Phong (đại diện cha mẹ học sinh của trường) và đại diện cha mẹ học sinh của 3 lớp 9/3, 9/4, 9/5 (các ông, bà Cao Văn Phong, Nguyễn Trọng và Nguyễn Thị Hồng) đã viết giấy đề nghị giáo viên trường nhận tại tiền bồi dưỡng của cha mẹ học sinh. Trường đã nhận lại số tiền này và chi lại cho giáo viên. Hiệu trưởng trường cũng đã thực hiện kiểm điểm trách nhiệm theo yêu cầu của Phòng Giáo dục và đào tạo thị xã Ninh Hòa.
Theo giải trình của bà Hiền, trường có nhầm lẫn khi dùng từ "phụ đạo". Thực chất đây là dạy ngoài giờ để nâng cao chất lượng học sinh cuối cấp theo nhu cầu của cha mẹ học sinh, không phải là phụ đạo học sinh yếu kém vì đối tượng gồm cả học sinh khá, giỏi, trung bình, yếu của 3 lớp Khối 9. Đối với học sinh yếu, kém, trường có lập kế hoạch phụ đạo học sinh yếu năm học 2017-2018 và dạy không thu tiền (trường có cung cấp kế hoạch số 02 (ngày 17.9.2017 về bồi dưỡng học sinh giỏi, phụ đạo học sinh yếu năm học 2017-2018 và các báo cáo kết quả thực hiện dạy phụ đạo học sinh yếu, kém của các tổ chuyên môn).
Tuy vậy, UBND thị xã Ninh Hòa nhận thấy việc dạy phụ đạo cho học sinh đại trà (lớp 9/3, 9/4, 9/5) có thu tiền là không đúng quy định tại khoản 2, Điều 1, Thông tư số 17 ngày 16.5.2012 của Bộ Giáo dục và đào tạo.