Theo đó, chương trình đào tạo thuyền viên, người lái phương tiện thủy nội địa có một số sửa đổi, bổ sung nhằm đồng bộ giữa đào tạo và tên gọi hệ thống các bằng (tên đầy đủ là giấy chứng khả năng chuyên môn), chứng chỉ chuyên môn.
Theo quy định của Thông tư số 06/2020, một số chứng chỉ sẽ bị bãi bỏ như: Thuyền trưởng hạng ba hạn chế; Chứng chỉ thủy thủ hạng Nhất, hạng Nhì; Chứng chỉ thợ máy hạng Nhất, hạng Nhì… Hệ thống bằng, chứng chỉ chuyên môn làm việc trên phương tiện thủy sẽ được sắp xếp, phân loại thành 2 loại chính: Giấy chứng nhận khả năng chuyên môn thuyền trưởng, máy trưởng và chứng chỉ chuyên môn (chứng nhận cho thuyền viên, người lái phương tiện thủy nội địa đủ khả năng làm việc, xử lý các vấn đề an toàn trên phương tiện thủy nội địa hoặc điều khiển phương tiện thủy).
Theo đại diện Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, bằng thuyền trưởng sẽ gồm 4 hạng: Nhất, nhì, ba và tư (ký hiệu T1-4). Bằng máy trưởng gồm 3 hạng: nhất, nhì, ba (ký hiệu M1-3). Bằng máy trưởng được phân thành bốn hạng: Hạng nhất (T1), hạng nhì (T2), hạng ba (T3), hạng tư (T4).
Các chứng chỉ chuyên môn gồm: Huấn luyện an toàn cơ bản, chứng chỉ nghiệp vụ, chứng chỉ chuyên môn đặc biệt. Trong đó, chứng chỉ nghiệp vụ gồm: Chứng chỉ thủy thủ, thợ máy, lái phương tiện. Chứng chỉ chuyên môn đặc biệt gồm: Điều khiển phương tiện cao tốc; điều khiển phương tiện đi ven biển; an toàn làm việc trên phương tiện đi ven biển; trên phương tiện chở xăng dầu; trên phương tiện chở hóa chất; làm việc trên phương tiện chở khí hóa lỏng.
Cục Đường thủy nội địa Việt Nam là đơn vị có thẩm quyền tổ chức thi, cấp bằng thuyền trưởng, máy trưởng từ hạng nhì trở lên trong phạm vi toàn quốc và thuyền trưởng hạng tư trở lên đối với cơ sở đào tạo; cấp chứng chỉ chuyên môn đặc biệt. Các Sở Giao thông Vận tải sẽ tổ chức thi, quyết định cấp bằng thuyền trưởng hạng ba, tư và máy trưởng hạng ba; tổ chức kiểm tra, công nhận, cấp chứng chỉ nghiệp vụ và chứng chỉ huấn luyện an toàn cơ bản (đối với địa phương chưa có cơ sở đào tạo). Cơ sở đào tạo đủ điều kiện tổ chức kiểm tra, cấp chứng chỉ nghiệp vụ và chứng chỉ huấn luyện an toàn cơ bản.