Dự án đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông có chiều dài 13,05km, sử dụng vốn vay ưu đãi của Trung Quốc và vốn đối ứng trong nước. Dự án thực hiện theo hình thức hợp đồng EPC, được ký kết vào tháng 8.2010, do Công ty hữu hạn Tập đoàn Cục 6 đường sắt Trung Quốc thực hiện (đơn vị được chỉ định thầu trong hiệp định vay vốn). Ngày 6.11.2021, tuyến đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông chính thức được đưa vào khai thác, vận hành.

Tổng mức đầu tư ban đầu của dự án là 8.769,97 tỉ đồng (tương đương 552,86 triệu USD), được điều chỉnh tăng lên thành 18.0001,6 tỉ đồng (tương đương 868,04 triệu USD, đội vốn 9.231,6 tỉ đồng).

Theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước (thông báo kết luận kiểm toán tháng 12.2018), dự án được điều chỉnh tổng mức đầu tư khi chưa báo cáo Thủ tướng để xem xét và chỉ đạo xin chủ trương của Quốc hội là chưa thực hiện đúng quy định tại Điều 10, Nghị quyết số 49 ngày 19.6.2010 của Quốc hội và Điều 7, Điều 106 Luật Đầu tư công.

Theo ông Nguyễn Danh Huy - Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, dự án đường sắt Cát Linh - Hà Đông là dự án có quy mô lớn, tính chất kỹ thuật phức tạp, trong quá trình thực hiện có nhiều khó khăn vướng mắc cần phải giải quyết.

Đây là dự án có thời gian thực hiện dài, qua nhiều thời kỳ và liên tục thay đổi các nhân sự theo dõi, quản lý điều hành, nhiều cá nhân tham gia thực hiện dự án đã nghỉ hưu hoặc chuyển công tác khác.

Để tiếp tục tháo gỡ các tồn tại, vướng mắc còn lại của dự án, cần phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa Ban quản lý dự án (QLDA) đường sắt với các đơn vị tham mưu của bộ và các bộ, ngành có liên quan để thực hiện.

Liên quan đến việc thực hiện kết luận của Kiểm toán Nhà nước tại dự án, Ban QLDA đường sắt đã đưa ra một số kiến nghị. Tuy nhiên, kiến nghị rất chung chung, nên chưa đủ cơ sở để xem xét, giải quyết. Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu Ban QLDA Đường sắt có báo cáo chi tiết, đánh giá toàn bộ quá trình thực hiện một cách rõ ràng các kết luận của Kiểm toán Nhà nước đến thời điểm hiện nay. Báo cáo cần thể hiện rõ đối với từng nhóm vấn đề, rõ lý do, rõ nguyên nhân, rõ trách nhiệm, rõ chủ thể. Từ đó, có những đề xuất, kiến nghị xử lý cho từng vấn đề cụ thể để giải quyết dứt điểm.

Cũng theo kết luận kiểm toán, tổng số tiền cần giảm trừ, thu hồi tại dự án là 874,5 tỉ đồng (khoảng 38 triệu USD). Nhà nước có thể tiết kiệm được khoản tiền này thông qua cơ chế thu hồi hoặc cắt giảm khi thanh quyết toán với tổng thầu EPC.

Các khoản giảm trừ gồm: Khoản giảm trừ thanh toán (do tính sai khối lượng) là 175,8 tỉ đồng; chủ đầu tư thương thảo với tổng thầu để giảm trừ thêm 428,8 tỉ đồng; hạch toán giảm chi phí đầu tư, phí quản lý, nợ gốc, lãi vay... là 269,7 tỉ đồng. Ngoài ra, số tiền phải thu hồi ngân sách Nhà nước là 91 triệu đồng.

Kiểm toán Nhà nước yêu cầu chủ đầu tư chấn chỉnh công tác đầu tư, xây dựng công trình, công tác quản lý tài chính, kế toán; xem xét xử lý trách nhiệm tập thể và cá nhân có sai sót.

Sau khi có kết luận của Kiểm toán Nhà nước, Ban QLDA đường sắt đã thu hồi được 91 triệu đồng trả lại ngân sách nhà nước (50 triệu đồng từ Công ty Cổ phần đầu tư và xây dựng Giao thông Vận tải và 41 triệu đồng từ Văn phòng đăng ký đất đai TP. Hà Nội).