Về cơ bản hộp số tự động và hộp số sàn khác nhau ở việc điều khiển hệ thống ly hợp (côn); với hộp số tự động – do hệ thống cơ khí tự động (và điện tử) thực hiện, với hộp số sàn là do người lái phải thao tác.

Việc phân biệt cũng khá dễ dàng với vị trí bàn đạp ngắt ly hợp ngay bên cạnh chân phanh (tổng số có ba bàn đạp; côn/phanh/ga), trong khi với hộp số tự động chỉ có chân ga và chân phanh.

Thực chất xe số sàn là loại hộp số mà người lái phải trực tiếp điều khiển cần số bằng tay. Loại này còn được gọi là xe số tay, tiếng anh là Manual Transmission (MT). Xe số tự động là loại tự động tăng giảm số phù hợp với tốc độ và tải trọng, tiếng anh là Auto Transmission  (AT).

Hộp số sàn

Hộp số sàn là loại hộp số ra đời sớm nhất, có cấu tạo đơn giản nhất, giá rẻ nhất và độ tin cậy cao.

Các phiên bản xe được trang bị hộp số sàn sẽ có mức giá rẻ nhất trong các loại hộp số. Đối với các mẫu xe được trang bị hộp số tự động, việc bảo trì, bảo dưỡng thường dễ dàng và ít tốn kém chi phí hơn.

Do phải thao tác nhiều, nên loại hộp số sàn này dễ gây mỏi chân cho người lái xe nếu gặp phải trường hợp kẹt xe, tắc đường vì người lái sẽ phải thường xuyên thực hiện các thao tác với hộp số, đặc biệt là “rà côn” để giữ cho xe không tắt máy khi đường đông.

Hộp số tự động

Hiện nay, nhiều mẫu xe ôtô khi ra mắt ở Việt Nam đều có phiên bản số tự động. Đây cũng được xem là loại hộp số có cấu tạo phức tạp nhất.

Hệ thống sử dụng biến mô thủy lực đóng vai trò như ly hợp để ngắt và truyền chuyển động quay từ động cơ đến hộp số. Bên trong hộp số là hệ thống các bánh răng hành tinh phức tạp kết hợp với nhau để tạo nên các cấp số cho xe.

Hộp số tự động rất dễ lái, đặc biệt là những người có tay lái "yếu", chẳng hạn như phụ nữ hoặc người lớn tuổi. Tài xế có thể nghỉ ngơi và không cần phải thao tác quá nhiều, phù hợp khi lái xe ở khu vực đông dân cư thường xuyên tắc đường. 

Với phiên bản số tự động, các mẫu xe sẽ có mức giá bán cao hơn so với phiên bản số sàn. Nếu như trước kia, hộp số tự động còn “ăn xăng” hơn so với hộp số sàn thì ngày nay, với công nghệ điện tử hỗ trợ ngày càng nhiều, ranh giới này ngày càng thu hẹp, đó là không kể với kinh nghiệm và thói quen của mỗi tay lái không đồng đều cũng dẫn đến mức độ tiêu hao cũng sẽ khác nhau.