Giảm khả năng sinh sản: Dùng mướp đắng liên tục liều cao thì có thể làm tổn thương tinh hoàn, ảnh hưởng tới khả năng sinh sản. Tinh hoàn ít protein dưỡng chất hơn, ít tinh trùng hơn, giảm acid nhân ARN hơn. Do vậy mà với những người đang điều trị vô sinh không nên dùng mướp đắng.

Ảnh hưởng tới sức khỏe của trẻ: Không chỉ gây khó tiêu, phần ruột và hạt bên trong trái mướp đắng còn chứa nhiều thành phần độc tố gây hại cho sức khỏe của trẻ em. Chính vì vậy, bạn không nên cho trẻ ăn những món được chế biến từ khổ qua.

Cồn cào ruột gan: Ăn mướp đắng khi đói sẽ gây kích ứng đường tiêu hoá, tạo ra cảm giác bỏng rát, cồn cào, đau bụng, thậm chí tiêu chảy.

Hạ đường huyết đột ngột: Mướp đắng chứa p-insulin, mang lại hiệu quả hạ đường huyết tương tự insulin. Nhưng cũng chính vì điều này mà khi dùng quá nhiều, mướp đắng có thể gây ra tụt đường huyết đột ngột; chóng mặt, nhức đầu, vã mồ hôi, hốt hoảng, có thể bị choáng và ngất.